1872 wurde von fünf Flensburger Unternehmern die Flensburger Schiffsbau-Gesellschaft[1], kurz FSG als Aktiengesellschaft gegründet. An der Westseite des Flensburger Hafens wurde ein Gelände von 27.135 m² erworben und Helgen für bis zu 100 Meter große Schiffe errichtet. Der erste Neubau, ein Vollschiff aus Stahl, die Doris Brodersen, wurde 1875 in Dienst gestellt. 1892 erfolgte der Bau eines Schwimmdocks von 2300 Tonnen Tragfähigkeit. Um 1900 hatte die FSG bereits über 2000 Beschäftigte.

Nachdem die Werft bis heute über 760 Schiffe unterschiedlichster Bauart fertiggestellt hat, ist eine Spezialisierung auf RoRo-Schiffe erfolgt. Auch wenn weiterhin andere Schiffstypen angeboten werden, so hat sich die Werft dennoch in diesem Segment eine gewisse Reputation erworben.

Ende Dezember 2008 hatte das Unternehmen den Besitzer gewechselt. Der seit 2005 tätige Geschäftsführer Herr Peter Sierk und Investoren um die Münchener Orlando Management GmbH erwarben die Geschäftsanteile der FSG im Rahmen eines sogenannten Management-Buy-out (MBO).

Zurzeit stehen bei der Werft neben Frachtfähren für die türkischen Ulusoy Sealines ein ConRo-Schiff für Oceanex (Kanada) und zwei Schwerlast-Transportschiffe in den Auftragsbüchern, die eine Auslastung bis Mitte 2014 ergeben.

Für Ende Oktober 2014 ist beabsichtigt, dass das norwegische Familienunternehmen Siem Industries die Werft FSG mit rund 750 Beschäftigten übernimmt.